Los cobayas provienen de Sudamérica, apareciendo por primera vez en el Mioceno  (hace 20 millones de años aproximadamente).  Hoy en día se encuentran en la zona que va desde Venezuela al estrecho de Magallanes, en las pampas del Nordeste de Argentina, en Bolivia, en Uruguay y  en el nordeste de Brasil. También han sido encontrados en zonas frías, selváticas y sabanas de Colombia y Venezuela.A Europa llegaron poco después

 Los cobayas provienen de Sudamérica, apareciendo por primera vez en el Mioceno  (hace 20 millones de años aproximadamente).  Hoy en día se encuentran en la zona que va desde Venezuela al estrecho de Magallanes, en las pampas del Nordeste de Argentina, en Bolivia, en Uruguay y  en el nordeste de Brasil. También han sido encontrados en zonas frías, selváticas y sabanas de Colombia y Venezuela.

A Europa llegaron poco después del descubrimiento de América (1492), fecha en la que fueron vistos por primera vez por conquistadores españoles. Cuando Cristóbal Colón llegó a América los Incas ya habían domesticado a los cobayas y en consecuencia presentaban diferentes colores al agutí del cobaya salvaje. Los Incas utilizaban los cobayas como sacrificios para los dioses y para el consumo y aún hoy en día sirven de alimento en Sudamérica. Como fuente de nutrición, es alto en proteína y bajo en grasa.

Después de los Incas los Quechuas (indígenas del Perú, Ecuador y Bolivia) preparaban guisos muy picantes de maíz y patatas con ellos.

En Gran Bretaña, país en el que hoy en día el cobaya es una mascota muy apreciada, se empezaron a realizar ferias de muestra y exposiciones de estos roedores; más tarde esto se extendió por diferentes países de Europa.

 La domesticación del Cavia aperea indujo a obtener la variedad Cavia aperea porcellus. Esta nueva variedad presenta más variabilidad de colores que la original, también es más grande y de cuerpo más rechoncho y redondeado y se distribuye actualmente por todo el mundo. El cobaya salvaje vive en gran diversidad de hábitat: zonas rocosas y montañosas, grandes praderas, sabanas, lugares pantanosos y húmedos, en los márgenes de los bosques (nunca en el interior) y hasta en alturas de 4.500 metros en las montañas de los Andes.

El nombre de “conejillo de indias” proviene de su descubrimiento, que fue cuando Cristóbal Colon llegó a América, pensando que eran las Indias.